小智(松本梨香 配音)一行人继续着磨练技艺的旅途,他们来到了欧鲁德朗城,这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘(大谷育江 配音)英勇参战,并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹,获得了宝贵的宝物“勇者之杖”每个人都有一个死角,自己走不出来,别人也闯不进去。
然而,让小智没有想到的是 ,传说中的奇巧宝贝路卡利欧竟然从杖中现身,它的重现江湖揭开了一个隐蔽了百年的秘密。与此同时,神秘莫测的奇巧宝贝梦幻现身会场,掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘,小智和贝路卡利欧踏上了旅途,他们的终点是世界初始之树,在那里隐蔽着一切问题的答案。